A diversidade e complexidade dos laboratórios em que se desenvolvem as linhas de pesquisa espelham o amadurecimento do trabalho desenvolvido no âmbito do Programa. Muitos funcionam como core facilities e apresentam equipamentos multiusuários de grande porte captados em processos competitivos. São localizados tanto na sede do Programa, o Hospital Universitário Clementino Fraga Filho (HUCFF), como em Institutos do Centro de Ciências da Saúde da UFRJ:

1. Laboratório Multidisciplinar de Pesquisa do HUCFF/UFRJ 
2. Laboratório de Tecido Conjuntivo e Glicobiologia, do Instituto de Bioquímica Médica da UFRJ e do HUCFF
3. Laboratório de Fisiologia da Respiração, com duas sedes:  Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho e Hospital
4. Universitário Clementino Fraga Filho 
5. Laboratório de Hematologia e Hemoterapia, HUCFF/UFRJ
6. Laboratório de Imunobiofísica, IBCCF/UFRJ
7. Laboratório de Investigação Pulmonar do Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho
8. Laboratorio de Criobiologia e Transplante de Células Tronco Hematopóeticas do Hospital Universitário Clementino Fraga Filho 
9. Laboratório de Micologia e Lab. de Bacteriologia do Hospital Universitário Clementino Fraga Filho 
10. Laboratório de Oncologia Molecular, HUCFF/UFRJ
11. Laboratório de Micobactérias, com duas sedes, Instituto de Microbiologia Prof. Paulo de Góes/UFRJ e Hospital Universitário Clementino Fraga Filho/UFRJ
12. Laboratório de Nutrologia do Hospital Universitário Clementino Fraga Filho/UFRJ
13. Centro de Pesquisa em Doenças Infecciosas e Parasitárias, CEPEDIP/HUCFF
14. Programa Acadêmico de Tuberculose, FM, IDT e HUCFF/UFRJ
15. Laboratório de Genética de Micobactérias, IOC/FIOCRUZ
16. PROHART, Programa de Hipertensão Arterial do HUCFF
17. Unidade de Pesquisa Clínica em Tuberculose, IDT/UFRJ
18. Unidade de Pesquisa Clínica do HUCFF/UFRJ
19. Unidade de Asma de Difícil Controle do IDT/UFRJ.
20. Laboratório de Micobacteriologia Molecular, HUCFF/UFRJ

Recursos de Informática

Há um número substancial de computadores nos diversos setores do programa. A rede de informática do HUCFF, onde fica a sede do PPGCM, conta com mais de 700 pontos. O HUCFF trabalha com prontuário eletrônico, através dos sistemas ProntHU, MedTrek e LabTrek, com acesso eletrônico aos exames complementares, inclusive exames de imagens. Todos os computadores localizados no campus têm acesso à rede mundial de computadores via rede de fibra ótica de alta velocidade e ao portal de Periódicos da Capes.

Biblioteca

O PPGCM dispõe da Biblioteca do Centro de Ciências da Saúde e suas afiliadas, as Bibliotecas do Hospital Clementino Fraga Filho e do Instituto de Doenças do Tórax, que apresentam um amplo acervo de novos livros de todas as áreas de conhecimento, além de acesso informatizado à internet e ao Portal de Periódicos Capes. O Portal SIBi/UFRJ fornece acesso eletrônico gratuito (www.sibi.ufrj.br) aos textos completos das dissertações e teses defendidas pelos nossos alunos.

Outras Informações

O Programa de Pós-Graduação em Clínica Médica se beneficia da utilização de áreas laboratoriais novas no HUCFF/UFRJ, todas já construídas. Dentre eles, destacam-se: Instituto de Doenças de Tórax; Laboratório de Terapia Celular; Programa Acadêmico de Tuberculose; PROHART; Centro de Pesquisas em Doenças Infecciosas e Parasitárias (CEPEDIP); Laboratório de Tecido Conjuntivo e Glicobiologia.

Além dos institutos, centros de pesquisas e laboratórios instalados no HUCFF, com intensa participação do PPGCM, destacamos ainda a grande interação com a pesquisa básica e seus institutos e programas de pós-graduação do campus do Fundão, como o Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho, o Instituto de Ciências Biomédicas, o Instituto de Bioquímica Médica Prof. Leopoldo de Meis, o Instituto de Microbiologia Prof. Paulo de Goes e Laboratórios da COPPE/UFRJ.